"พระธาตุคำ(ดำ)" มีประวัติย่ออีกตอนหนึ่งเล่าว่า ได้มีเจ้าเมืองเชียงใหม่กับเจ้าเมืองน่าน พร้อมด้วยพระราชธิดา 2 พระองค์ มีนามว่า "พระธิดาสี" กับ "พระธิดาลี" เป็นผู้สร้างพระธาตุดำและพระธาตุขาว พร้อมกับบรรจุพระอรหันตธาตุของพระโมคคัลลานเถระและพระสารีบุตรเถระไว้ ในสมัยสมเด็จพระเจ้าไชยเชษฐาธิราช ซึ่งเป็นผู้ปกครองนครวียงจันทน์เขตอาณาจักรล้านช้างในสมัยนั้น ปัจจุบันนี้คือประเทศสาธารณรัฐประชาธิปไตยประชาชนลาว
วัดธาตุดำ (คำ) ตั้งอยู่ในบริเวณ วัดธาตุดำ(คำ) "พระธาตุดำ" พระธาตุเจดีย์ลักษณะรูปทรงแบบระฆังคว่ำ ๘ เหลี่ยม ก่อช้อนกันจำนวน ๗ ชั้น ฐานสูง ๘ ชั้นปลายยอดสุดรูปทรงพุ่มดอกบัวตูม ตามหลักฐานวัดนี้ได้ถูกสร้างขึ้นประมาณ พ.ศ. ๒๑๐๔ และได้ทำการบูรณะในครั้งแรกเมื่อ พ.ศ. ๒๓๑๐ ได้บูรณะซ่อมแซมใหม่ขึ้นอีกครั้งที่ ๒ เมื่อ พ.ศ. ๒๕๔๐ และมีพระพุทธรูปใหญ่ที่เก่าแก่มากและได้ประดิษฐานอยู่ในอุโบสถ (โบสถ์) ก่อ สร้างด้วยอิฐถือปูนขาว ทาด้วยสีทองคำอย่างดี มีขนาดหน้าตักกว้างประมาณ ๓ เมตร ปรางค์นั่งสมาธิ ฯ
วัดธาตุดำ ได้ประกาศตั้งเป็นวัดเมื่อประมาณ พ.ศ. ๒๑๐๔(จุลศักราช ๙๒๓ หรือราว ค.ศ ๑๕๕๑) ที่อ้างอิงจากหนังสือประวัติวัดทั่วราชอาณาจักร เล่มที่ ๑๐ ของกรมการศาสนาประกาศไว้ และตามหนังสือพงศาวดารเดิมของลาวได้กล่าวอ้างอิงเอาไว้เช่นกัน ที่เป็นฉบับภาษาไทยและเรียบ เรียงโดยท่านมหาศิลาวีระพงศ์ พอสังเขปได้ใจความดังนี้.-ว่าในสมัยหนึ่งนั้น ได้มีองค์พระธาตุเจดีย์ที่ได้ถูกสร้างขึ้นในอาณาเขตบริเวณที่ดินใกล้เคียงกันมีอยู่ ๒ องค์ คือเจดีย์ขาว (เงิน) และเจดีย์คำ(ดำ) และวัดพระธาตุทั้งสององค์นี้ เป็นวัดที่สร้างขึ้นในสมเด็จพระเจ้าไชยเชษฐาธิราช ซึ่งเป็นผู้ปกครองนครวียงจันทน์เขตอาณาจักรล้านช้างในสมัยนั้น ปัจจุบันนี้คือประเทศสาธรณรัฐประชาธิปไตยประชาชนลาว
หลังจากที่ขึ้นปกครองนครเวียงจันทน์ พร้อมกับการปก ป้องและปราบปรามข้าศึกศรัตรูและกบฏ จนเป็นที่สงบและอยู่ดีกินดีร่มเย็นเป็นสุขของปวงประชาชนทั่วราชทุกเขตแดนแล้วพระองค์ก็ได้ทรงดำริที่จะทำนุบำรุงพระพุทธ ศาสนาให้ฝั่งรกรากอยู่ผืนแผ่นดินของตน จึงได้ทรงพระราชทูตไปกราบอาราธนานิมนต์พระสงฆ์ที่ทรงรักษาพระศาสนาจากทางกรุงศรีอยุธยาของประเทศไทย เพื่อให้ท่านได้นำพระธรรมคำสอนทางพระ พุทธศาสนามาเผยแพร่ที่เมืองหลวงพระบางตลอดถึงนครเวียงจันทน์ และยังได้อัญเชิญเอาพระบรมสารีริกธาตุของพระอรหันต์ จากประเทศศรีลังกาและพม่า นำมาประดิษฐานบรรจุไว้ตามพระธาตุเจดีย์วัดต่าง ๆ ให้เป็นสักการะเคารพกราบไหว้ของชาวพุทธศาสนิกชนทั้งหลาย
ในสมัยสมเด็จพระเจ้าไชยเชษฐานี้ พระพุทธ ศาสนาในประเทศลาวมีความเจริญรุ่งเรืองกว้างขวางมากๆ ทั้งในตัวเมืองหลวงและตามหัวเมืองต่างๆ เต็มไปด้วยวัดวาอารามและพระธาตุเจดีย์ที่มีรูปลักษณ์แตกต่างกันไปตามความนิยมของแต่ละท้องถิ่น ที่ได้จัดประดับตกแต่งไว้วิจิตรพิสดารสวยงามมากๆนอกจากการเสริมสร้างสถานที่ราชการและวัดวาอารามต่างๆแล้วพระองค์ยังมีพระราชศรัทธาได้สร้างหรือทรงโปรดให้ช่างผู้ชำนาญหล่อด้วยโลหะหรือปั้นพระพุทธรูปปรางค์ต่างๆ ที่สำคัญขึ้นอีกเป็นจำนวนมากหลายองค์ เช่นพระเจ้าองค์ตื้อ,พระสุก,พระเสริม,และพระใส เป็นต้น
ในสมัยนั้นตามนานกล่าวไว้ว่า ในเขตปกครองทั่วประเทศ มีวัดที่ทรงร่วมและเป็นประธานนำก่อสร้างไว้จำนวนถึง ๑๒๐ วัดหนึ่งในจำนวนที่กล่าวไว้นั้น ก็มีวัดพระธาตุดำแห่งนี้รวมอยู่ด้วย แต่เดิมเรียก ชื่อว่าพระธาตุคำ เพราะในองค์เจดียาตุนั้น นอกจากจะได้บรรจุพระอรหันตธาตุแล้ว ยังได้บรรจุเครื่องสักการะต่าง ๆ ล้วนได้ทำขึ้นจากโลหะทองคำ,ทองเหลืองบ้างหรือทองผสมบ้างตามที่ผู้มีศรัทธาได้ร่วมบริจาคสมทบถวายมา เช่นต้นโพธิ์ทอง ผอบทองคำที่ใช้ใส่บรรจุพระอรหันตธาตุและอื่นๆ อีกมากมายฯ ครั้นต่อมาเมื่อหลายปีพร้อมความเก่าแก่และมีซากวัชพืชปกคุมหรือตะไคร่จับเต็มไปหมดสีอาจจะเปลี่ยนไปนานเข้าก็เลยมองดูเป็นสีดำ เมื่อมองดูเป็นสีดำ ชาวบ้านก็เลยเรียกตามที่เห็นว่า พระธาตุดำ จนเป็นที่รู้จักกันมา ถึงทุกวันนี้ นับว่าพระองค์เป็นผู้มีพระปรีชาสามารถ และทรงมีสายพระเนตรอันกว้างไกลที่ได้ทรงสร้างมหากุศลและพระคุณอันยิ่งใหญ่ต่อประเทศชาติและพระศาสนา ไว้ให้อนุชนรุ่นหลังได้พบเห็นเป็นประจักษ์ตราบเท่าจน ถึงปัจจุบันนี้ จนมีการเปลี่ยนแปลงเสื่อมโทรมผุพังไปตามอายุและกาลเวลา ต่อมาได้มีการบูรณะบำรุงซ่อมแซมรักษาต่อเติมขึ้นมาใหม่อีก เมื่อประมาณ พ.ศ. ๒๓๑๐ โดยมีท่านเจ้ากรมพระยาศักดิ์พลเสน ซึ่งได้ยกพลมาปราบกบฏเมืองเวียงจันทน์ และตั้งค่ายทัพหลวงอยู่ด้านหลังวัดพระธาตุดำ
ปัจจุบันนี้ กลายเป็นที่ราชพัสดุหรือค่ายหมวดตำรวจตระเวนชายแดนที่ ๒๔๕ เขตของจังหวัดหนองคาย และพระอุโบสถหลังเก่าได้รับพระราชทานวิสุงคามสีมาอีก เมื่อประมาณ พ.ศ.๒๓๑๐ เขตวิสุงคามสีมากว้าง ๓๐ เมตร ยาว ๖๐ เมตร และต่อมาได้เกิดชำรุดทรุดโทรมผุพังไปตามกาลเวลาที่มีอายุเก่าแก่มากจนไม่สามารถจะใช้ประกอบศาสนกิจของสงฆ์ได้ต่อไป เมื่อ พ.ศ.๒๕๑๗ ทางคณะสงฆ์ซึ่งมี พระอธิ การสุพจน์ อธิปฺญโญ ผู้เป็นเจ้าอาวาสและคณะกรรมการชาว บ้านศรีเชียงใหม่ หมู่ที่ ๑ จึงได้พร้อมใจกันทำการก่อสร้างพระอุโบสถขึ้นใหม่และขยายให้ใหญ่กว่าหลังเดิม และอยู่บริเวณที่เดิม ซึ่งได้อาศัยแรงศรัทธาจากหน่วยราชการต่าง ๆ บ้างและสาธุชนชาวอำเภอศรีเชียงใหม่และตลอดจนสาธุชนผู้ใจบุญทั้ง หลายที่อยู่ใกล้ไกลและต่างจังหวัดด้วย ให้ความอุปถัมภ์ร่วมบริจาคทำกันตามกำลังศรัทธา
จนเมื่อถึง พ.ศ. ๒๕๓๙ ท่านเจ้าอาวาสได้ถึงแก่มรณภาพไป จึงเป็นเหตุให้ขาดผู้ดูแลรักษาและพิจารณาดำเนินการก่อสร้างอุโบสถที่ยังไม่แล้วเสร็จเพราะพึ่งก่อสร้างได้เพียง เจ็ดสิบเปอร์เซนต์เท่านั้นจนถึงปี พ.ศ. ๒๕๔๑ ได้มีการจัดแต่งตั้งเจ้าอาวาสรูปใหม่แทนรูปเดิม จึงผู้ที่ได้รับการแต่งตั้งมาใหม่มีนามว่า พระครูประภากรกิตติคุณ (สุวรรณ ปภากโร) เพื่อให้ท่านได้พิจารณาดำเนินการก่อสร้างต่อเติมอุโบสถที่ยังไม่เสร็จให้แล้วเสร็จสมบูรณ์ดีจนสามารถใช้ปฏิบัติงานและประกอบศาสนกิจสังฆกรรมของสงฆ์ได้ดีามปกติ รวมค่าก่อสร้างทั้งสิ้นรวมประมาณ ๗,๓๗๕.๐๐๐ บาท (เจ็ดล้านสามแสนเจ็ดหมื่นห้าพันบาทถ้วน) ต่อมาจึงมีมติเห็นสมควรให้ขอพระราชทานวิสุงคามสีมาฉบับใหม่เพื่อเก็บไว้เป็นเอกสารหลักฐานสำคัญต่อไป และได้มีพระราชโองการโปรดเกล้าจากพระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัว รัชกาลที่๙ ให้วัดธาตุดำ ได้รับพระราชทานวิสุงคามสีมา ซึ่งมีขนาดความกว้าง ๔๐ เมตร ยาว ๘๐ เมตร ที่ประกาศไว้ ณ วันที่ ๒๗ ธันวาคม พ.ศ. ๒๕๔๕ ผู้รับสนองพระราชโองการ คือ นายวิษณุ เครืองาม รองนายกรัฐมนตรี เป็นผู้ลงนาม.
